Markgraf Hans von Küstrin ließ seine Gruft ab 1555, dem Jahr als seine Mutter verstarb, unter dem Altar der Stadtpfarrkirche erbauen. Am 13. Januar 1571 starb er und wurde am 01. Februar in seiner Gruft beigesetzt. Über seiner Gruft stand die Inschrift "Solus spes mea Christus" (Christus allein, soll meine Hoffnung sein). Der Sarg des Markgrafen war sehr schlicht. Er bestand aus Zinn und ein Kreuz war ihm aufgelötet. Die Aufschrift war nur eingeritzt. Eine Messingtafel an der Wand der Gruft enthielt folgenden Text:

Johannes, Markgraf von Brandenburg, ein Sohn Markgraf Joachims, dieses Namens des Ersten, Kurfürsten zu Branden-
burg u.s.w., hat durch Gottes Providence im Jahre nach Christi Geburt 1536 angefangen, die reine Lehre des heiligen Evangelii
und Wortes Gottes Inhalts der Augsburgischen Confession nach prophetischer und apostolischer Schrift allhier zu Cüstrin und folgends durchs ganze Fürstenthum der Neumark und in anderen seinen Herrschaften und Landen öffentlich lehren zu lassen, und ist ob solchem Bekenntnisse aus Gnaden des Allmächtigen beständig geblieben und hat durch deselbigen Hülfe die Seinigen dabei erhalten. M.D.L.V. (1555) Sulus spes mea Christus. Amen.

Die Gruft von Markgraf Hans
Gedenktafel in der Gruft des Markgrafen Hans
 

In dieser Gruft wurden auch seine Frau Katharina (1574), Markgraf Friedrich (Johannitermeister von Sonnenburg, Sohn von Kurfürst Johann Georg und dessen zweiter Frau Elisabeth von Anhalt, gestorben 1611) und Markgraf Georg Albrecht (Bruder von Markgraf Friedrich, verstorben an seinem eigenen Geburtstag am 19.11.1615), beigesetzt. Schon zu Beginn des 18. Jahrhunderts war die Gruft in Vergessenheit geraten und auch der Eingang nicht mehr bekannt. Im Frühjahr 1813 ließ der französische Kommandant der Festung, Fournier d' Albe die Hohenzollerngruft suchen und öffnen. Schätze wurden keine mehr gefunden, die Eichenteile der Särge waren verrottet, die Teile aus Zinn wohl aber noch in einem guten Zustand. Wieder vergingen einige Jahrzehnte.

Eines Tages schlug ein kalter Blitz in die Kirche ein und riss ein Loch in den Boden.  Dadurch wurde die Gruft des Markgrafen Hans wiederentdeckt - soweit die Sage. In Wirklichkeit trug es sich folgendermaßen zu: Kronprinz Friedrich Wilhelm fragte im Jahre 1880  beim Regierungspräsidenten, Graf Villers, in Frankfurt (Oder) an, ob es denn in Küstrin ein Denkmal für Markgraf Hans gäbe. Dieser erkundigte sich beim Oberpfarrer der Pfarrkirchengemeinde, ob denn das Gewölbe unter dem Altar, dass Seyffert in seinem Buch erwähnt, noch existieren würde. Auf diese Anfrage begann die Kirchengemeinde mit Ihren Nachforschungen und ließ Grabungen durchführen. Mit den Grabungen wurde der Regierungsbauführer L. Hermann beauftragt, der zu dieser Zeit bereits an der Oderbrücke in Küstrin baute.

Die Grabungen begannen unter der südlichen, zum Hochaltar führenden Treppe. Dort stieß man schnell auf das Grabgewölbe der Prinzen Friedrich und Georg Albrecht. Friedrichs Sarg war wohl noch gut erhalten, der von Georg Albrecht gewölbt und dessen Deckel hatte mehrere runde Löcher, die wahrscheinlich Spuren der russischem Bombardierung im Jahre 1758 waren. Dieser Sarg enthielt zwei Schädel. Man grub weiter und entdeckte eine große Steinplatte. Nach dem Heben erkannte man, dass es sich dabei um die Gedenkplatte des Schlieben'schen Gewölbes handelte.  Diese Gruft mit den völlig zerfallenen Holzsärgen der Kinder (des Adam von Schlieben ?) fand man darunter. An dieser Stelle wurde später der neue Zugang zur markgräflichen Gruft angelegt, so dass, dieses Gewölbe verschwand.  Die Gedenktafel fand einen Platz in der Kirche.

Man grub weiter und fand nur noch Schutt, jedoch nicht Markgräfliche Gruft. Da zog ein Kreuz-Relief an der Ostwand der Kirche die Aufmerksamkeit auf sich und man fand kurz unter dem Fußboden eine Gewölbewand. Man grub unter der Sakristei noch einmal und  fand schließlich am 29.07.1880 die Gruft von Markgraf Hans und seiner Frau. Der Sarg des Markgrafen war stark zerstört und mit Schutt bedeckt, der Inhalt des Sarges lag auf dem Boden verstreut, der Kopf des Markgrafen fehlte. Die Sarg von Markgräfin Katharina war fast unbeschädigt. Alle Särge wiesen jedoch Spuren von Öffnungsversuchen auf. Ob der Bericht über den Zustand der Särge von 1813 nun einfach nicht stimmt, oder die Franzosen die Gruft in diesem Zustand hinterlassen hatten, ist nicht überliefert. Am 31.07.1880 besuchte der Oberpfarrer Petri die Gruft und schicke danach einen Bericht an den Regierungspräsidenten.

Der Regierungspräsident ließ durch den Regierungsbauführer Hermann und den Regierungsbaurat Morstein einen Plan zur Wiederherstellung des Gruft aufstellen und dem Kronprinzen zukommen. Nachdem dieser den Plan, nach einer Revidierung durch Hofbaurat Persius, genehmigt hatte, wurde  mit den Bauarbeiten, deren Kosten die Stadt Küstrin freiwillig übernahm, begonnen. Die Särge (mit Ausnahme des Sarges des Prinzen Friedrich) wurden heraus geräumt und die sterblichen Überreste sorgsam aus dem Schutt gesiebt bzw. aus den alten Särgen entnommen. Der Deckel des Sarges von Markgräfin Katharina und der Sarg des Prinzen Georg Albrecht wurden in  der Berliner Sargbaufirma von F. D. Kersten repariert. Für den Markgrafen Hans wurde ein neuer Sarg gefertigt. In die neuen, Metallsärge legte man zuerst Holzkästen, ließ aber ringsherum noch so viel Platz, dass man die Reste der alten Metallsärge noch mit hineinlegen konnte. In die Holzkisten kamen die sterblichen Überreste.  Den Kopf des Markgrafen fand man wohl nicht. Man vermutete wahrscheinlich, dass der zweite Kopf im Sarg des Prinzen der des Markgrafen war, beließ ihn aber im Sarg des Prinzen. Die Gedenktafel für den Markgrafen wurde neu vergoldet.

Nach dem Ausräumen begann man mit dem Ausbau der Gewölbe, sie wurden nun durch einen Gang verbunden. Bei den Arbeiten zum neuen Zugang stieß man auf eine weitere Gruft, in der sich prächtig verzierte, übereinander stehende Kupfersärge befanden. Die Aufschriften der Särge konnte man nur zum Teil entziffern, es handelte sich dabei um die Gruft der Familie zu Dohna, genauer gesagt die Gruft des ehemaligen Gouverneurs Küstrins, Graf Christian Albrecht zu Dohna (*15.11.1621 +14.12.1677), seiner Frau Gräfin Theodora zu Dohna (geborene Gräfin zu Holland, *15.03.1620 +23.09.1678) und deren Söhnen Carl-Emil (*10.09.1658 +03.07.1686) und Ditrich (*xx.12.1650 +17.07.1686). Eine ältere Quelle, das "Historische Portefeuille" (siehe unten) nennt den fünften, fehlenden Namen: Ursula Anna Burggräfin und Gräfin zu Dohna (*1655 +14.05.1678). Die Dohna'sche Gruft wurde zugemauert und mit einer Tafel versehen. Die Bauarbeiten wurden am 01.07.1882 beendet und die restaurierten Grüfte am 15.08.1882 durch die die Stadt als Bauherren der Pfarrkirchengemeinde übergeben. Besichtigungen wurden nach Anmeldung beim Küster ermöglicht. Am 25.06.1883 besuchte Kronprinz Friedrich Wilhelm, als er auf dem Weg nach Sonnenburg zum Ordensfest war, zusammen mit dem Herzog von Edinburg (späterer Herzog von Sachsen-Koburg-Gotha) die Grüfte.